วัคซีนบางชนิดมีจุลชีพที่ตายแล้วแต่ก่อนหน้านี้มีความรุนแรงซึ่งถูกทำลายด้วยสารเคมี ความร้อน หรือรังสี  “ผี” โดยมีซองเซลล์แบคทีเรียที่ไม่บุบสลายแต่ว่างเปล่า พวกเขาถือเป็นระยะกลางระหว่างวัคซีนที่หยุดทำงานและวัคซีนที่ลดทอนตัวอย่าง ได้แก่ IPV ( วัคซีนโปลิโอ )  วัคซีน  ตับอักเสบเอ วัคซีนพิษสุนัขบ้าและ วัคซีน ไข้หวัดใหญ่ส่วนใหญ่แทนที่จะแนะนำจุลินทรีย์ที่ตายแล้วหรือถูกทำให้อ่อนฤทธิ์ลงในระบบภูมิคุ้มกัน (ซึ่งจะประกอบกันเป็นวัคซีน "ตัวแทนทั้งหมด") วัคซีนหน่วยย่อยจะใช้ชิ้นส่วนของมันเพื่อสร้างการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน ตัวอย่างหนึ่งคือวัคซีนหน่วยย่อยสำหรับป้องกันไวรัสตับอักเสบ บี ซึ่งประกอบด้วย โปรตีนพื้นผิวของไวรัสเท่านั้น (ก่อนหน้านี้สกัดจากซีรั่มในเลือด ของผู้ป่วยที่ ติดเชื้อเรื้อรัง อีกตัวอย่างหนึ่งคือวัคซีนสาหร่ายที่กินได้เช่น วัคซีน ไวรัสคล้ายอนุภาค (VLP) ที่ป้องกัน ไวรัสฮิวแมนแพปพิล โลมา(HPV) ซึ่งประกอบด้วยโปรตีนแคปซิดที่สำคัญของไวรัส อีกตัวอย่างหนึ่งคือหน่วยย่อยhemagglutininและneuraminidase ของ ไวรัสไข้หวัดใหญ่ มีการใช้วัคซีนหน่วยย่อยเพื่อสร้างภูมิคุ้มกันโรคระบาด