โปรโตคอลภูมิต้านตนเองทำงานอย่างไรPaleo Autoimmune Protocol ทำงานโดยระบุประเด็นหลักสี่ประการที่ทราบกันดีว่ามีส่วนสำคัญต่อโรคเรื้อรังและโรคภูมิต้านตนเอง จากข้อมูลเชิงลึกที่รวบรวมจากการศึกษาทางวิทยาศาสตร์มากกว่า 1,200 ชิ้น คำแนะนำด้านอาหารและการใช้ชีวิตเหล่านี้มุ่งเป้าหมายไปที่ความหนาแน่นของสารอาหาร ระบบภูมิคุ้มกัน (และทุกระบบในร่างกาย)  โปรโตคอล ต้องการวิตามิน แร่ธาตุ สารต้านอนุมูลอิสระ กรดไขมันจำเป็น และกรดอะมิโนจำนวนมากเพื่อให้ทำงานได้ตามปกติ การขาดธาตุอาหารรองและความไม่สมดุลเป็นตัวการสำคัญในการพัฒนาและความก้าวหน้าของโรคภูมิต้านตนเอง การมุ่งเน้นที่การบริโภคอาหารที่มีสารอาหารหนาแน่นที่สุดที่มีอยู่จะช่วยให้มีสารอาหารรองส่วนเกินที่เสริมฤทธิ์กันเพื่อแก้ไขทั้งข้อบกพร่องและความไม่สมดุล ดังนั้นจึงสนับสนุนการควบคุมของระบบภูมิคุ้มกัน ระบบฮอร์โมน ระบบล้างพิษ และการผลิตสารสื่อประสาท อาหารที่อุดมด้วยสารอาหารยังช่วยให้ร่างกายได้รับสารอาหารที่จำเป็นต่อการรักษาเนื้อเยื่อที่เสียหาย