นอกจากนี้ยังได้รับผลกระทบทางตรงหรือทางอ้อมต่อระบบประสาทส่วนกลาง อาการทางระบบประสาทหลายอย่าง เช่น โรคหลอดเลือดสมอง โรคลมบ้าหมู ภาวะเบื่ออาหาร วัยชรา ประสาทหลอน และโรคไขสมอง มีความสัมพันธ์กับการติดเชื้อ เมาส์รุ่นหนึ่งเปิดเผยว่าโปรตีนขัดขวาง S1 สามารถข้ามสิ่งกีดขวางระหว่างเลือดและสมองได้ ซึ่งบ่งชี้ว่าไวรัสสามารถติดเชื้อในสมองและทำให้เกิดอาการทางระบบประสาทได้ รายงานการชันสูตรศพของผู้ป่วยที่เสียชีวิตจาก COVID 19 พบว่ามีใน เซลล์ ประสาทเยื่อหุ้มสมอง นอกจากนี้ยังพบความเป็นไปได้ของการแพร่เชื้อ ในแนวดิ่งไปยังทารกในครรภ์ ซึ่งอาจส่งผลต่อการพัฒนาสมองของทารกในครรภ์