การผสมข้ามพันธุ์ การผสมข้ามสายพันธุ์ระหว่างปลาดุกบางสายพันธุ์ทำให้ประสิทธิภาพการทำงานดีขึ้น แต่ยังไม่มีการปฏิบัติอย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเชิงพาณิชย์ นี่อาจเป็นเพราะการขาดสายเลือดแท้และประสิทธิภาพที่คาดเดาไม่ได้ระหว่างสายเลือดผสม การผสมพันธุ์ การผสมข้ามพันธุ์มักจะเพิ่มการเติบโตและผลผลิตการประมวลผลอย่างมีนัยสำคัญ ตัวอย่างเช่น ลูกผสมของปลาดุกแชนเนลตัวเมียที่ผสมกับปลาดุกสีน้ำเงินตัวผู้ ( Ictalurus furcatus)  สะท้อนถึงผลผลิตการแปรรูปที่เพิ่มขึ้น  ความรู้ทั่วไปเกี่ยวกับปลาดุก เนื่องจากพวกมันยังคงรักษาขนาดหัวที่เล็กของปลาดุกสีน้ำเงินและรูปร่างที่แข็งแรงของปลาดุกแชนเนล อย่างไรก็ตาม การศึกษาได้แสดงให้เห็นถึงความแปรปรวนในการผลิตขึ้นอยู่กับแต่ละสายพันธุ์ของปลาดุกที่ใช้ในการผลิตลูกผสม แม้ว่าความสำเร็จในการผลิตลูกผสมสามารถทำได้ด้วยการฉีดฮอร์โมนในขั้นตอนการวางไข่ในคอกและตู้ปลา แต่การผสมพันธุ์ยังไม่สามารถทำได้จริงในการดำเนินการเชิงพาณิชย์ขนาดใหญ่ การวิจัยในอนาคตอาจเพิ่มอัตราการผสมพันธุ์หรือนำไปสู่การเลือกสายพันธุ์สังเคราะห์ที่วางไข่ตามธรรมชาติภายใต้เงื่อนไขของบ่อเชิงพาณิชย์