ในช่วงเวลานั้นคอมพิวเตอร์บนยานอวกาศคอยติดตามดูระบบภารกิจ ส่งรหัสพิเศษที่บ่งชี้ว่าการปฏิบัติการเป็นเพียงเล็กน้อยหรือผิดปกติ ในช่วงจำศีล นิวฮอไรซันส์ ระบบหลักส่วนใหญ่ของ New Horizons ถูกปิดใช้งานและฟื้นขึ้นมาใหม่เพียงประมาณสองเดือนทุกปี รอบการจำศีลครั้งที่สอง สาม และสี่คือวันที่ 16 ธันวาคม 2551 27 สิงหาคม 2552 และ 29 สิงหาคม 2557