ในรูปของคลอไรด์ไอออนคลอรีนจำเป็นต่อสิ่งมีชีวิตทุกชนิดที่รู้จัก สารประกอบคลอรีนประเภทอื่นนั้นหาได้ยากในสิ่งมีชีวิต และสารอินทรีย์ที่ผลิตคลอรีนเทียมนั้นมีตั้งแต่เฉื่อยไปจนถึงเป็นพิษ ในบรรยากาศชั้นบน โมเลกุลอินทรีย์ที่มีคลอรีน เช่นคลอโรฟลูออโรคาร์บอนมีส่วนเกี่ยวข้องกับการสูญเสียโอโซน คลอรีนที่เป็นองค์ประกอบในปริมาณเล็กน้อยเกิดจากการออกซิเดชั่นของคลอไรด์ไอออนในนิวโทรฟิลซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของ การตอบสนองของ ระบบภูมิคุ้มกันต่อแบคทีเรีย โซเดียมคลอไรด์ สารประกอบที่พบมากที่สุดของ คลอรีน เป็นที่รู้จักกันมาตั้งแต่สมัยโบราณ นักโบราณคดีพบหลักฐานว่า มีการใช้ เกลือสินเธาว์เร็วถึง 3,000 ปีก่อนคริสตกาล และน้ำเกลือใช้เร็วถึง 6,000 ปีก่อนคริสตกาล ประมาณปี 900 ผู้เขียนงานเขียนภาษาอาหรับซึ่งมีสาเหตุมาจากญาบีร์ อิบน์ เฮยาน (ละติน: Geber) และ อาบู บาการ์ อัล-ราซีแพทย์และนักเล่นแร่แปรธาตุชาวเปอร์เซีย( ประมาณปี 865–925 ละติน: ราเซส) กำลังทดลองกับแอมโมเนียมคลอ ไรด์ ( แอมโมเนียมคลอไรด์ ) ซึ่งเมื่อกลั่นร่วมกับกรดกำมะถัน (ไฮเดรตซัลเฟตของโลหะต่างๆ) จะเกิดไฮโดรเจนคลอไรด์ อย่างไรก็ตาม ดูเหมือนว่าในการทดลองช่วงแรกๆ กับเกลือ คลอ ไรด์ ผลิตภัณฑ์ที่เป็นก๊าซจะถูกทิ้งไป และไฮโดรเจนคลอไรด์อาจถูกผลิตขึ้นหลายครั้งก่อนที่จะพบว่าสามารถนำไปใช้กับสารเคมีได้