ปฏิสัมพันธ์ของกรดอะมิโนที่ไม่มีขั้วเป็นแรงผลักดันหลักที่อยู่เบื้องหลังกระบวนการที่พับโปรตีนเป็นโครงสร้างสามมิติที่ใช้งานได้ ไม่มีโซ่ด้านข้างของกรดอะมิโนเหล่านี้แตกตัวเป็นไอออนได้ง่าย ดังนั้นจึงไม่มี pK a s ยกเว้นไทโรซีน (Tyr, Y) ไฮดรอกซิลของไทโรซีนสามารถสลายโปรตอนได้ที่ค่า pH สูงซึ่งก่อตัวเป็นฟีโนเลตที่มีประจุลบ ด้วยเหตุนี้ไทโรซีนจึงจัดอยู่ในกลุ่มกรดอะมิโนที่ไม่มีขั้วที่มีขั้ว แต่ความสามารถในการละลายน้ำต่ำมากจึงเข้ากับลักษณะของ กรดอะมิโน ที่ไม่ชอบน้ำได้ดี ไซด์เชนหลายตัวไม่ได้อธิบายไว้อย่างดีตามหมวดหมู่ที่มีประจุ มีขั้ว และไม่ชอบน้ำ Glycine (Gly, G) ถือได้ว่าเป็นกรดอะมิโนที่มีขั้วเนื่องจากขนาดที่เล็กหมายความว่าความสามารถในการละลายของมันถูกกำหนดโดยหมู่อะมิโนและคาร์บอกซิเลตเป็นส่วนใหญ่ อย่างไรก็ตาม การขาดห่วงโซ่ข้างใดข้างหนึ่งทำให้ไกลซีนมีความยืดหยุ่นเฉพาะตัวระหว่างกรดอะมิโนที่มีการแยกย่อยขนาดใหญ่ไปจนถึงการพับโปรตีน  ซีสเทอีน (Cys, C) ยังสามารถสร้างพันธะไฮโดรเจนได้อย่างง่ายดาย ซึ่งจะจัดอยู่ในหมวดกรดอะมิโนที่มีขั้ว แม้ว่าจะพบได้บ่อยในโครงสร้างโปรตีนที่สร้างพันธะโควาเลนต์กับซิสเทอีนชนิดอื่นที่เรียกว่าพันธะไดซัลไฟด์ พันธะเหล่านี้มีอิทธิพลต่อการพับและความเสถียรของโปรตีน และมีความสำคัญในการสร้างแอนติบอดี. Proline (Pro, P) มี side chain ที่เป็นอัลคิลและอาจถูกพิจารณาว่าไม่ชอบน้ำ แต่เนื่องจาก side chain เชื่อมกลับเข้ากับหมู่ alpha amino ทำให้ไม่ยืดหยุ่นเป็นพิเศษเมื่อรวมเข้ากับโปรตีน เช่นเดียวกับไกลซีน สิ่งนี้มีอิทธิพลต่อโครงสร้างโปรตีนในแบบที่ไม่เหมือนใครของกรดอะมิโน Selenocysteine ​​​​(Sec, U) เป็นกรดอะมิโนหายากที่ไม่ได้เข้ารหัสโดยตรงโดย DNA แต่ถูกรวมเข้าเป็นโปรตีนผ่านทางไรโบโซม เซเลโนซิสเทอีนมีศักยภาพรีดอกซ์ต่ำกว่าเมื่อเทียบกับซีสเตอีนที่คล้ายคลึงกัน และมีส่วนร่วมในปฏิกิริยาของเอนไซม์หลายอย่างPyrrolysine (Pyl, O) เป็นกรดอะมิโนอีกชนิดหนึ่งที่ไม่ได้เข้ารหัสใน DNA แต่ถูกสังเคราะห์เป็นโปรตีนโดยไรโบโซม [28]พบในสัตว์จำพวกที่มีส่วนในการเร่งปฏิกิริยาของเมทิลทรานสเฟอเรสหลายชนิด